En la segunda etapa denominado Mecesup 2. A pesar de los múltiples y evidentes logros, el Fondo Competitivo, como mecanismo único de asignación de recursos para el mejoramiento académico, muestra algunas limitaciones. Una de ellas es la dificultad para tratar materias y problemas complejos de carácter institucional, tales como el mejoramiento de la gestión, el monitoreo de impacto de metas y resultados y la empleabilidad de sus graduados. Como consecuencia de las lecciones aprendidas durante la implementación del MECESUP, el Gobierno resolvió en el año 2005 comenzar una segunda fase del Programa, acordar con el BIRF un nuevo convenio (7317-CH) y complementar el Fondo Competitivo con la implementación experimental de Convenios de Desempeño en un número limitado de universidades acreditadas del Estado. El nivel de financiamiento anual de todas estas actividades se ha asegurado en US$ 50 millones.
El Proyecto “MECESUP 2 Educación Terciaria para la Sociedad del Conocimiento”, forma parte de los esfuerzos del Gobierno de Chile, en las celebraciones del Bicentenario, para apoyar la transición de su economía actual a una basada en el conocimiento, incrementando la equidad y la efectividad de su sistema de la educación terciaria.
El Programa busca proveer las competencias necesarias que permitan aumentar la competitividad global, sostener el desarrollo económico y social y asegurar que ningún talento se pierda por diferencias en las oportunidades de aprendizaje.
Los objetivos generales del proyecto son el aumentar la efectividad del financiamiento público para la educación terciaria a través del incremento de la coherencia, equidad y calidad en el sistema, y por medio de un mejor desempeño, con mayor transparencia y rendición de cuentas públicas.
Con este fin, el proyecto deberá mejorar la flexibilidad y coherencia del sistema de educación chileno, crear los incentivos necesarios para el mejoramiento de la calidad y eficiencia y apoyar el sistema nacional de innovación a través del aumento del inventario de capital humano avanzado.
El desarrollo del Proyecto MECESUP2 se estructura bajo la modalidad de programa ajustable por fases de 6 años de duración: una Fase 1 para el período 2005-2008 y una Fase 2 para el 2009-2011. Esta estrategia programática da suficiente flexibilidad para permitir la construcción de experiencias y comprobar aproximaciones antes de replicar e invertir en mayor escala, y la oportunidad al Gobierno de ajustar los objetivos específicos.
La Fase 1 contempló: